Die Vorgeschichte der Immanuel-Gemeinde geht zurück bis zum Anfang des 20. Jahrhunderts, als sich wie in Deutschland schon im 19. Jahrhundert auch in Polen freie lutherische Gemeinden bildeten, denen die Unabhängigkeit von staatlichen Behörden und das Festhalten am lutherischen Bekenntnis wichtig war. Bis zum Beginn des Zweiten Weltkriegs gehörten rund 5.000 Gemeindeglieder zu solchen Gemeinden der Evangelisch-Lutherischen Freikirche in Polen.
Nach dem Zweiten Weltkrieg sind die meisten dieser Gemeindeglieder mit ihren Pastoren in das Gebiet der heutigen Bundesrepublik Deutschland geflohen. Hier angekommen, begannen die Pastoren nun eine große Sammlungsarbeit unter den Flüchtlingen aus dem Osten. In der Region in und um Rotenburg sammelt Pastor Armin Schlender viele Flüchtlinge. In Rotenburg selbst finden die ersten Gottesdienste in einer Flüchtlingsbaracke statt, ehe die Gemeinde am 1. Advent 1958 ihr erstes Gemeinde- und Kirchgebäude erhält, das noch heute als Gemeindehaus genutzt wird. Dieses Datum hat die Immanuel-Gemeinde immer als ihr eigentliches Gründungsdatum verstanden. Im Jahr 1973 konnte der Kirchraum dann noch einmal erweitert werden.
Die Immanuel-Gemeinde gehörte zur Evangelisch-Lutherischen Bekenntniskirche, die sich 1976 schließlich der Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche anschloss, zu der die Immanuel-Gemeinde noch heute gehört.
Lange Zeit bildete die Immanuel-Gemeinde mit den Gemeinden in Posthausen-Stellenfelde, Verden-Walle und Wittorf einen Pfarrbezirk, dessen Pastor in Rotenburg wohnte. Seit 2006 ist die Immanuel-Gemeinde mit der Zionsgemeinde in Verden zu einem Pfarrbezirk zusammengeschlossen, mit der sie sich einen Pastor teilt, der in Verden wohnt.
Im Jahr 2008 konnte die Immanuel-Gemeinde in Anwesenheit des Bischofs der Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche, Hans-Jörg Voigt, ihr 50-jähriges Kirchweih- und Gemeindejubiläum feiern.